2. Pathological image 데이터 구조

 

1. 병리 이미지 데이터구조 

1.1 Magnification

• Magnification(확대율): 확대율은 이미지를 실제 크기보다 얼마나 크게 표시하는지를 나타내는 비율입니다. 높은 확대율은 더 작은 객체들을 더 크게 보여주기 때문에 세밀한 구조를 확인하는 데 도움이 됩니다. 일반적으로, 병리 이미지의 확대율은 고해상도 이미지를 더 크게 표시하는 데 사용됩니다.
• 40x objective has a 400x total magnification

 

1.2 Level

• Level Resolution

0	Full resolution
1	½
2	½^2
3	½^3
4	½^4

 

1.3 MPP

• MPP(Microns per Pixel, 픽셀 당 마이크론): MPP는 이미지의 해상도와 확대율을 결합한 개념으로, 픽셀 하나당 몇 마이크론의 실제 길이를 나타냅니다. MPP는 실제 세계에서 이미지 내의 픽셀과의 대응을 제공합니다. 예를 들어, MPP가 0.5라면 픽셀 하나는 실제 세계에서 0.5 마이크론을 의미합니다.MPP 스캔  

  mpp	배율
  1	100x
  0.5	200x
  0.25	400x

 

💛병리 이미지 분석에는 배율이 매우 중요하여 MPP/배율을 연구 자료에 꼭 삽입 하는 것을 추천

 

 

2. 스캐너 종류에 따른 데이터 형식

 

이미지 출처 :  https://aggc22.grand-challenge.org/Data/

 

• Akoya Biosciences, Olympus, Zeiss, Leica, KFBio, Philips scanner, 사진에는 없지만 Hamamatsu가 존재
• https://www.drivendata.org/competitions/67/competition-cervical-biopsy/page/256/

TissueNet: Detect Lesions in Cervical Biopsies

 

2.1 Leica biosystem scanner 

2.1.1 데이터 형식

• SVS 형식의 파일 생성

2.1.2 viewer & labeling tool

• Aperio image scope viewer 다운로드 링크

Aperio ImageScope - Pathology Slide Viewing Software

• svs 파일만 레이블링 가능

 

 

2.2 그 외 (ZEISS, Hamamatsu, KFBio 등등)

2.2.1 데이터 형식

• ZEISS, Hammatsu 는 mrxs 형식의 파일 과 dat파일 한 세트로 생성
• 또는 Tiff 파일의 형식으로 오는 경우가 많음

2.2.2 viewer & labeling tool

• Automated Slide Analysis Platform (ASAP) https://computationalpathologygroup.github.io/ASAP/